Ze względu na transgraniczny charakter Programu, każdy wnioskodawca musi mieć partnera po drugiej stronie granicy. Partnerstwo to musi być potwierdzone porozumieniem lub umową określającą wzajemne działania i zobowiązania podczas realizacji projektu. Partner musi spełniać takie same kryteria co wnioskodawca i musi mieć siedzibę na obszarze objętym Programem.

Wnioski o dofinansowanie mikroprojektów mogą zgłaszać:

• jednostki samorządu terytorialnego, ich związki i stowarzyszenia
• jednostki administracji ustanowione przez państwo lub samorząd w celu zapewnienia usług publicznych
• organizacje pozarządowe
• Europejskie Ugrupowania Współpracy Terytorialnej

Kwalifikujący się beneficjenci:

• podmioty posiadające osobowość prawną zgodnie z obowiązującym prawem krajowym
• podmioty nieposiadające osobowości prawnej, którym jednostka nadrzędna (posiadająca osobowość prawną) udzieli pełnomocnictwa i która przejmie odpowiedzialność finansową za realizowany projekt
• podmioty nieposiadające osobowości prawnej, w imieniu których jednostka nadrzędna będzie starała się o dotacje (wskazując podmiot, który będzie realizował projekt)
• podmioty, których siedziby znajdują się poza obszarem wsparcia programu pod warunkiem, że posiadają kompetencje i działają na terenie wsparcia, a działania projektu będą miały oddziaływanie na obszar wsparcia.

Każdy z tych podmiotów musi:

• być podmiotem o charakterze niedochodowym,
• mieć stabilne i wystarczające źródło finansowania, tak aby mógł sprostać celom i działaniom określonym w projekcie,
• być bezpośrednio odpowiedzialny za przygotowanie i zarządzanie projektem

Zasięg  obszaru wsparcia:

• po polskiej stronie granicy – NTS III (podregiony): bielski, nowosądecki, przemyski i krośnieński oraz NTS IV – powiat oświęcimski (podregion krakowski), powiat pszczyński (podregion tyski) powiat rzeszowski (podregion rzeszowski). W powiatach pszczyńskim, rzeszowskim oraz oświęcimskim projekty będą realizowane zgodnie z art. 21 Rozporządzenia w sprawie Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego Nr 1080/2006 dopuszczającym możliwość przyznania do 20% budżetu programu dla obszarów przyległych do zasadniczego obszaru wsparcia,
• po słowackiej stronie granicy – NTS III (regiony): Kraj Żyliński oraz Kraj Preszowski

Partnerstwo w mikroprojekcie powinno spełniać przynajmniej dwa z poniżej podanych kryteriów:

• wspólne przygotowanie mikroprojektu z partnerem zagranicznym,
• wspólna realizacja mikroprojektu z partnerem zagranicznym,
• wspólny personel,
• wspólne finansowanie.